ในระยะเริ่มแรกสมัยที่ยังเป็น คณะวิทยาศาสตร์และอักษรศาสตร์ (อังกฤษ: Faculty of Science and Arts) มีบทเพลงแรกที่ถูกแต่งขึ้นและใช้เป็นเพลงประจำคณะ ซึ่งก็คือ เพลง “วิทยาศาสตร์-อักษรศาสตร์” เพลงนี้เป็นเพลงสุนทราภรณ์แต่งเนื้อร้องโดย ศยาม (จักรพงษ์ เจิมศิริ) และทำนองโดยครูเอื้อ สุนทรสนาน[159] ภายหลังได้มีการแยกส่วนอักษรศาสตร์ไปจัดตั้งเป็นคณะใหม่ คือ คณะมนุษยศาสตร์[160]

ต่อมาในปี พ.ศ. 2546 มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้มีการรวบรวมบทเพลงประจำมหาวิทยาลัยทั้งหมด รวมทั้งเพลงประจำคณะด้วย[161][162] เพื่อนำมาเรียบเรียงเสียงประสานและบันทึกเสียงใหม่ ซึ่งคณะทำงานของคณะวิทยาศาสตร์ในขณะนั้นเห็นสมควรให้ประพันธ์เพลงประจำคณะขึ้นใหม่อีกบทเพลงหนึ่ง เพื่อให้เหมาะกับอัตลักษณ์และความเป็นเอกภาพของคณะวิทยาศาสตร์ จึงได้กราบเรียนท่าน ศาสตราจารย์ ดร. ประเสริฐ ณ นคร กรุณาประพันธ์เพลงทั้งเนื้อร้องและทำนองเพื่อใช้เป็นบทเพลงใหม่ประจำคณะวิทยาศาสตร์ และท่านอาจารย์ได้ตั้งชื่อบทเพลงใหม่นี้ไว้ว่า “วิทยาศาสตร์ปณิธาน” คณะวิทยาศาสตร์จึงมีบทเพลงใหม่ประจำคณะตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา[163][164]